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必讀!使用血液進行基因檢測如何減少假陰性


基因檢測-入門攻略
什么是基因檢測?

腫瘤基因檢測是通過特定檢測設備對被檢測者細胞中的DNA分子信息作檢測,分析它所含有的各種基因突變情況,從而能針對性地為每位患者“量身定制”一套最合適的治療方案。它是腫瘤精準醫(yī)療的基礎。

選擇什么樣本最合適?

做基因檢測,是檢測腫瘤細胞的突變,因此需要獲取腫瘤細胞。

臨床上通常有三種方式:

1.手術中得到腫瘤樣品。

2.穿刺活檢樣品,通常是在局部麻醉下,使用很細的針刺入疑似腫瘤,來獲取少量細胞用于分析。這樣創(chuàng)傷很小,可以避免不必要的手術,對患者影響小。

3.“液體活檢”。目前主要是指通過分析血液里的癌細胞或者癌細胞釋放的DNA進行分析,判斷癌癥突變類型。這之所以能成功,是因為晚期癌細胞,或者癌細胞的DNA,會釋放到血液里,現(xiàn)代技術有可能把它們捕獲,進行分析。

“液體活檢”是一種新興的無創(chuàng)檢測技術, MIT Technology Review 雜志將“液體活檢”技術評為2015年度十大突破技術之一。其無創(chuàng)、快速、實時監(jiān)控等特性有助于臨床醫(yī)生及時的依據檢測結果快速制訂或者修改治療方案

能被譽為“突破技術”的液體活檢,核心原因是檢測選擇的是ctDNA

ctDNA
液體活檢


ctDNA,也稱為circulating tumor DNA(循環(huán)腫瘤DNA),ctDNA游離循環(huán)于腫瘤病人的血液中。攜帶一定變異(包括缺失,插入,重排,拷貝數異常,甲基化等)且來自腫瘤基因組的DNA片段,其遺傳學特性與腫瘤基因組DNA相似。

下面以ctDNA特性的角度切入,談談檢測者自身情況對檢測結果的影響。


ctDNA的腫瘤學特性

1.ctDNA在血液中的含量非常少,在游離DNA總量中的比例同樣非常少,一般小于500 DNA/200uL血漿。



2.腫瘤患者血液中的ctDNA主要來源于腫瘤細胞壞死或者凋亡后釋放到血液中游離存在的DNA,攜帶有與原發(fā)腫瘤組織相一致的分子遺傳學特征。研究表明:腫瘤分期越高,ctDNA檢出率也越高,即III-IV期腫瘤患者血液中的ctDNA含量比I-II期的患者的含量更高,更易被檢出。



3.血液的ctDNA含量會因手術治療、放化療、靶向治療等治療措施降低。DNA在血液中的半衰期很短,約2個小時之后,血液中的ctDNA含量就有可能低至檢測不出。



4.手術治療會影響患者血液中ctDNA的含量,手術后2小時,血液中基本檢測不到ctDNA。局部手術后ctDNA含量降低有限,完全切除后,ctDNA含量明顯大幅度降低。



ctDNA那么容易受到影響,如何操作才能保證完美檢測呢?圣庭醫(yī)檢建議您如下操作。





臨床采集血液ctDNA注意事項




一.采血時間

由于血液中的ctDNA半衰期短,會受放化療等治療手段影響,需要盡可能避開患者手術、放化療后采集血液樣本,建議與末次治療間隔1月。


二.專用ctDNA保存管

選擇專用的游離DNA保存管,常溫下可穩(wěn)定保存游離DNAcfDNA)和循環(huán)腫瘤DNActDNA),穩(wěn)定儲存和運輸的采血管


三.實驗結合臨床信息

提供詳細的臨床治療史,以便檢測實驗室對低頻基因突變綜合分析和復檢



下面列舉一份結合臨床信息檢測實驗的實例。


案列分享

患者A,男性,56歲,臨床診斷為非小細胞肺癌,服用吉非替尼12個月,出現(xiàn)進展后送血液樣本到我檢驗所進行NGS檢測:檢出EGFR L858R 2.1%和 超低頻(0.14%)的 EGFR T790M突變。

12743深度僅有18條C>T突變的EGFR T790M,接近NGS基因檢測臨界下限。

基于此,圣庭醫(yī)療結合檢測申請單中的臨床信息“服用吉非替尼12個月,出現(xiàn)進展”,對該樣本繼續(xù)進行準確性更高ddPCR檢測驗證,驗證結果為0.23%,數字PCR檢測結果與NGS檢測結果一致。

出具報告結果:EGFR L858R 2.1%及EGFR T790M 0.23% 。三個月后回訪:患者接受報告后使用奧希替尼治療,已達到 PR(部分緩解)水平。

劃重點!為了驗證NGS標本中低頻陽性突變,圣庭對所有臨界突變進行二次數字PCR復檢,不遺漏一個真陽性,也不放過一個假陽性!

幾條往往被忽略的邊緣數據卻成了引導患者接受最受益治療的明燈。看似逆轉的背后,只是圣庭人對行業(yè)標準和頂尖質量的不懈堅持。


請對“無臨床信息樣本”say no!

《測序技術的個體化醫(yī)學檢測應用技術指南》“ 信息采集”
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