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結(jié)直腸癌丨中國結(jié)直腸癌NTRK,POLE,ERBB2及MSI的基因組特征


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2017年至2020年,連續(xù)四年,F(xiàn)DA每年都會(huì)批準(zhǔn)一款泛實(shí)體瘤靶向或免疫藥物及其適應(yīng)癥,涉及的靶點(diǎn)有MSI-H/dMMR,NTRK基因融合及TMB-H。1,2,3,4 同時(shí),數(shù)萬例樣本的回顧性分析顯示,POLE亦可作為泛實(shí)體瘤免疫治療療效預(yù)測的獨(dú)立生物標(biāo)志物。5 此外,ERBB2(HER2)基因擴(kuò)增在多種實(shí)體瘤中會(huì)出現(xiàn),如乳腺癌,胃癌及結(jié)直腸癌等,亦是靶向治療的成熟靶點(diǎn)6,7


▲ 泛實(shí)體瘤藥物FDA獲批情況

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在世界范圍內(nèi),結(jié)直腸癌(CRC)是男性第三常見和女性第二常見的惡性腫瘤。隨著精準(zhǔn)醫(yī)療的快速發(fā)展,越來越多的CRC分子靶點(diǎn)促使我們有必要將靶點(diǎn)范圍擴(kuò)大到RAS,BRAF以外,如NTRK基因融合,POLE致病性突變,ERBB2(HER2)基因擴(kuò)增 MSI-H/dMMR。


但是,到目前為止,這些分子靶點(diǎn)的基因組特征在中國結(jié)直腸癌患者中尚不清晰。


2020年7月6日,《The Oncologist》雜志(IF=5.025)發(fā)表了中國結(jié)直腸癌NTRK,POLE,ERBB2和MSI的基因組特征,很好的彌補(bǔ)了這一知識(shí)空白,研究結(jié)果顯示:中國CRC患者中NTRK基因融合發(fā)生率為1%,其中MSI-H患者的NTRK基因融合發(fā)生率高達(dá)7%;POLE基因突變發(fā)生率為6%,其中POLE致病性突變發(fā)生率高達(dá)1.8%;ERBB2基因擴(kuò)增發(fā)生率為3%;MSI-H/dMMR發(fā)生率為9%。此次基因組特征的分析對于改善中國CRC患者治療效果至關(guān)重要。8


▲ 中國CRC患者NTRK,POLE等基因組特征


研究方法


此次研究,共收集了2016年10月至2019年3月間,609例(372例男性和237例女性)中國CRC患者的腫瘤組織和外周血(對照),采用 450基因的NGS大panel進(jìn)行檢測,檢測變異類型包括點(diǎn)突變,插入缺失,拷貝數(shù)變異及重排/融合,同時(shí),基于NGS算法還進(jìn)行了基因組特征上TMB和MSI狀態(tài)的分析。


細(xì)胞含量:FFPET腫瘤細(xì)胞含量≥20%;

片段大?。撼暺位瘇250bp;

文庫構(gòu)建:KAPA Hyper Prep Kit;

捕獲探針:24,000條DNA探針;


研究結(jié)果


① 中國CRC患者中,TP53(76%),APC(72%)及KRAS(46%)的突變最為常見;另外,MSI-H/dMMR的發(fā)生率為 9%,BRAF突變發(fā)生率為 8%。


▲ 結(jié)直腸癌患者的特征


② 排除POLE致病性突變,MSI-H CRC樣本的中位TMB為 59.4范圍:35-264.9)mut/Mb,顯著高于MSS亞組的 5.4范圍:0.7-37.1)mut/Mb。


既往有報(bào)道稱TP53或KRAS突變與肺癌患者TMB升高有關(guān),但這兩種突變均未導(dǎo)至CRC患者TMB升高。


▲ MSI及TP53/KRAS突變與TMB之間的關(guān)系


③ NTRK基因融合在大多數(shù)癌癥類型中出現(xiàn)的頻率都很低,本研究顯示CRC患者中NTRK基因融合發(fā)生率為 1%6/609例),與既往報(bào)道一致;其次,MSI-H CRC患者中NTRK基因融合發(fā)生率更高,為 7%4/55),比MSS CRC患者中NTRK基因融合發(fā)生率(0.36%)高20倍。


④ 中國CRC患者POLE突變發(fā)生率高,為 6%39/609),其中 1.8%11/609)的患者為POLE致病性突變,高于西方人群,且與腫瘤T細(xì)胞浸潤有關(guān)。


▲ POLE致病性突變


⑤ 中國CRC患者ERBB2擴(kuò)增發(fā)生率為 3%16/609),其中14個(gè)為KRAS野生型,可以接受曲妥珠單抗聯(lián)合帕妥珠單抗或拉帕替尼的抗HER2治療。


此次中國結(jié)直腸癌NTRK,POLE,ERBB2和MSI的基因組特征分析顯示,新的生物標(biāo)志物,包括NTRK,POLEERBB2,在結(jié)直腸癌的治療中正變得越來越重要,全面的基因組分析對于改善中國CRC患者的治療效果至關(guān)重要。


參考資料:

1.https://www.fda.gov/news-events/press-announcements/fda-approves-first-cancer-treatment-any-solid-tumor-specific-genetic-feature  

2.https://www.fda.gov/drugs/fda-approves-larotrectinib-solid-tumors-ntrk-gene-fusions-0

3.https://www.fda.gov/drugs/resources-information-approved-drugs/fda-approves-entrectinib-ntrk-solid-tumors-and-ros-1-nsclc

4.https://www.fda.gov/drugs/drug-approvals-and-databases/fda-approves-pembrolizumab-adults-and-children-tmb-h-solid-tumors

5.Wang F, Zhao Q, Wang Y N, et al. Evaluation of POLE and POLD1 Mutations as Biomarkers for Immunotherapy Outcomes Across Multiple Cancer Types[J]. JAMA oncology, 2019.

6.Sartore-Bianchi A, Trusolino L, Martino C,et al. Dual-targeted therapy with trastuzumab and lapatinib in treatment-refractory, kras codon 12/13 wild-type, her2-positive metastatic colorectal

cancer (heracles): A proof-of-concept, multicentre, open-label, phase 2 trial. The Lancet Oncology 2016;17:738-746.

7.Meric-Bernstam F, Hurwitz H, Raghav KPS, et al. Pertuzumab plus trastuzumab for her2-amplified metastatic colorectal cancer

(mypathway): An updated report from a multicentre, open-label, phase 2a, multiple basket study. The Lancet Oncology 2019;20:518-530.

8.Guo Yun,Guo Xian-Ling,Wang Shuang et al. Genomic alterations of NTRK, POLE, ERBB2 and MSI status in Chinese colorectal cancers.[J] .Oncologist, 2020, undefined: undefined.


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